Le diplôme de troisième cycle sanctionne les études de troisième cycle effectuées sur le modèle doctoral, en co-encadrement universitaire ou sans
co-encadrement.
Les co-encadrements interviennent dans le cadre de conventions conclues avec des universités partenaires. Les élèves inscrits dans les deux établissements (l’Ecole et l’université partenaire) obtiennent pour un même travail co-encadré par un enseignant de l’Ecole et un professeur de l’Université, les deux diplômes : le diplôme de troisième cycle de l’Ecole et le doctorat de l’université partenaire.
Le diplôme de troisième cycle sans co-encadrement respecte le modèle doctoral mais reste seulement un diplôme d’établissement.
Le diplôme libre de troisième cycle, s’inspirant du système existant à l’Ecole Pratique des Hautes Etudes, sanctionne des études ne répondant pas entièrement au modèle doctoral, pour des élèves ne pouvant s’engager dans les limites de temps ou dans les contraintes d’encadrement du modèle doctoral.